Sabemos poco sobre los primeros contactos con el budismo de los nómadas de Mongolia. Las fuentes chinas parecen señalar que el budismo llegó a los xiongnu con anterioridad al siglo II a. C. Los xiongnu constituyeron el primer imperio nómada de Asia Central, y todavía hoy se debate si son los mismos que Europa conoció como «hunos». En el año 121 a. C. los xiongnu fueron derrotados por el estado Han en el corredor de Gansu y las crónicas recogen que entregaron al general chino Huo Qubing una estatua de oro a la que llamaban «la Gran Divinidad» y ante la que quemaban incienso y se postraban. Este dato parece indicar que la conversión al budismo ya había tenido lugar entre los xiongnu por aquel entonces. También recientes descubrimientos arqueológicos muestran que muchos miembros de los lushui, un pueblo compuesto de xiongnu y tocarios, eran budistas practicantes.
Durante las campañas militares dirigidas por Gengis Kan los mongoles entraron en contacto con diversas religiones. La tolerancia religiosa y cultural de los mongoles es ancestral, como genuino pueblo nómada acostumbrado a toparse en cualquier momento con los diferentes. Cristianos (nestorianos), musulmanes, budistas y taoístas desempeñaron papeles muy importantes en las cortes de los grandes kanes mongoles, al lado de los chamanes.
En el siglo XIII los mongoles entraron directamente en contacto con el budismo tibetano durante sus campañas en el sur. Sabemos que Köten (Go-dan), el nieto de Gengis Kan que decidió la invasión del Tíbet (1240), fue curado de una enfermedad por el gran sabio tibetano Sakya Pandita y se convirtió al budismo. Posteriormente el vínculo político-religioso llamado “relación amo-sacerdote” (tib. yon-mchod) entre Kublai Kan y el tibetano ‘Phags-pa, de la misma orden budista Sakya (Sa-skya), fortaleció la posición del budismo tibetano en el mundo mongol. Esta etapa se considera la segunda llegada del budismo a Mongolia. Aunque los kanes mongoles tuvieron contactos con varias órdenes budistas tibetanas, fue la tradición Sakya la que recibió el favor del Gran Kan y por lo tanto su papel entre la aristocracia mongol fue muy importante. Pero los mongoles comunes siguieron siendo chamanistas. Con la caída de la dinastía de Kublai en China (1368) se disolvieron los lazos de Mongolia con los budistas tibetanos. Aunque hay rastros de actividad budista en las estepas en el siglo XV, la gran mayoría de los mongoles continuó en el chamanismo.
La tercera llegada tuvo lugar en siglo XVI, como efecto de las actividades políticas de algunos kanes menores. Las tierras de Mongolia estaban divididas entre diferentes dirigentes que luchaban entre sí por obtener el poder sobre todos los mongoles. Desde la época de Gengis Kan se había establecido que sólo sus descendientes tenían derecho a convertirse en «grandes kanes» y ejercer la autoridad central. Sin embargo, algunos de estos jefes militares guerreaban por la supremacía política. Altan Kan («el Kan Dorado», 1507-1582) fue uno de los que alcanzó más poder y decidió legitimar su autoridad mediante contactos con dirigentes budistas tibetanos. En 1577 se reunió con Sonam Gyatso (1543-1588), la máxima autoridad de la pujante orden tibetana Gelugpa, y lo nombró Dalai Lama (dalai significa «océano» en mongol). Sonam Gyatso, a su vez, proclamó solemnemente que Altan Kan era la reencarnación de Kublai Kan, permitiendo de este modo que pudiera vincularse a los grandes kanes de la familia de Gengis. El nuevo Dalai Lama visitó Mongolia y tuvo un gran impacto en la difusión de la forma tibetana del budismo entre los mongoles.
Altan Kan se convirtió al budismo y construyó un templo en Hohhot, la capital de la actual Mongolia Interior. No fue el único jefe mongol que se reunió con los altos lamas tibetanos y se convirtió al budismo. Su sobrino Abtai Sain Kan (1554-1588), jefe de la tribu de los khalkha, siguió su ejemplo. Se encontró con el Dalai Lama en Hohhot y recibió de él la iniciación tántrica e imágenes budistas y reliquias. Decidió construir un monasterio en las tierras de los khalkha: Erdene Zuu (1585).
Entre los siglos XVII y XVIII la gran mayoría de los mongoles se había convertido ya al budismo tibetano. El idioma tibetano siguió siendo el idioma del conocimiento y los rituales budistas, aunque todo el Canon budista se vertió a la lengua mongol clásica por activos equipos de traductores. Entre ellos los más cualificados eran los que conocían perfectamente el tibetano y el mongol, a los que se llamaba «traductores de talento» (biligtü güüshi) y «traductores del Dharma» (nomchi güüshi).
A pesar de la predominancia Gelugpa, también han existido grupos de mongoles conectados con la llamada «tradición roja» (ulaanii shashin), que seguía prácticas budistas tibetanas no Gelugpa, siendo la Gelugpa la llamada «tradición amarilla» (shariin shashin).
Encarnaciones Gelugpa importantes, como Jebtsundamba, especialmente la primera reencarnación llamada Öndör Gegeen Zanabazar (1635-1723), fueron tratadas con la máxima consideración y como segundas figuras en importancia después del Dalai Lama y del Panchen Lama. La octava reencarnación del Jebtsundamba, Agvaanl Uvsanchoijinyam Danzan Vanchüg (1870-1924), fue proclamada monarca de Mongolia con el nombre de Bogd Kan («el Kan Sagrado») tras el colapso de la dinastía Qing en 1911.
A comienzos del siglo XX existía en Mongolia cerca de un millar de lugares de devoción budistas, entre monasterios, templos y santuarios. Esta situación cambió drásticamente con la toma del poder por los comunistas mongoles en 1921 y la proclamación de la República Popular de Mongolia. A partir de 1924, y especialmente en la década de los treinta, el patrimonio cultural budista de Mongolia fue en su mayoría completamente destruido, los monasterios demolidos y muchos lamas y monjes comunes ejecutados. Algunas estimaciones hablan de más de 20.000 víctimas mortales de estas persecuciones. Prácticamente desde la década de 1940 hasta la de 1990 la actividad budista en Mongolia se paralizó y sobrevivió sólo en la clandestinidad. El monasterio de Gandan, en la capital, fue reactivado bajo la tutela estatal en 1944 como un escaparate o extraño diorama de la cultura mongol tradicional. Sin embargo, en lugar de los miles de monjes que había alojado antes del nuevo régimen, solo albergaba ahora unas pocas decenas de ellos, algunos vinculados a la policía secreta.
La situación del budismo cambió en la última década del siglo XX, con la disolución de la República Popular de Mongolia. Una nueva constitución (1992) garantizaba los derechos humanos básicos, entre ellos naturalmente la libertad de creencias. Comenzó así la revitalización del budismo mongol. Hoy, según el censo de 2020, un ochenta y siete por ciento de la ciudadanía de Mongolia se identifica como budista.
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